את דרכו המקצועית החל כבר במהלך שירותו הצבאי בחיל החינוך, שם הוביל יוזמות חינוכיות עבור ילדים עם צרכים מיוחדים בערי הפריפריה. במסגרת זו, פעל להקמתם של שני גני ילדים ומוסד חינוכי נוסף לחינוך מיוחד, במטרה להעניק מענה מקיף ומקצועי בהיעדר מסגרות מתאימות באותן ערים.
עם שחרורו, ומתוך חזון לצמצם את הפערים בתחום, ייסד את עמותת פרח. העמותה, שהחלה כמיזם ממוקד, התפתחה והתרחבה עם השנים לכדי רשת חינוכית ענפה הפועלת כיום בפריסה ארצית רחבה.
הרשת מפעילה מסגרות חינוך מיוחד לגיל הרך ולגילים נוספים, בערים ויישובים ברחבי הארץ, מצפון ועד דרום.
במסגרת תפקידו עומד שטיין בראש פעילות הרשת, הכוללת הקמה וניהול של מסגרות חינוכיות, גיוס והכשרת צוותים חינוכיים וטיפוליים, ופיתוח תשתיות וציוד מותאמים לצורכי התלמידים. פעילות הרשת נעשית בשיתוף פעולה עם רשויות מקומיות וגורמי חינוך ורווחה.
במהלך השנים פנו לרשת פרח רשויות מקומיות נוספות בבקשה להקים מסגרות חינוך מיוחד בתחומן, כחלק מהרחבת המענה לילדים עם צרכים מיוחדים ולבני משפחותיהם.
